PRIMENA METABARKODINGA U IDENTIFIKACIJI FITOPLANKTONA SLANIH JEZERA

54. godišnja konferencija o aktuelnim problemima korišćenja i zaštite voda (2025) [275-282 str.]

AUTHOR(S) / AUTOR(I): Miloš Ćirić , Clarisse Lemonnier , Benjamin Alric , Srđan Miletić , Kristina Petrović , Jelena Avdalović , Vladimir Petrović , Željka Milovanović , Frédéric Rimet , Andreas Ballot 

Download Full Pdf   

DOI: 10.46793/VODA25.267C

ABSTRACT / SAŽETAK:

Rad prikazuje metabarkoding analizu uzoraka fitoplanktona sakupljenih u jesen 2023. godine iz slanog jezera Pečena slatina (Južni Banat, Srbija). Cilj studije je identifikacija algi i cijanobakterija iz vodenog stuba koristeći jedan genski marker za obe grupe. Nakon filtriranja uzoraka vode obavljena je izolacija sredinske DNK, umnožavanje fragmenta gena za 23S rRNK i sekvenciranje pomoću MiSeq tehnologije. Bioinformatičkom obradom dobijenih sekvenci konstatovano je ukupno 54 varijante sekvenci amplikona, od kojih je 45 povezano sa 25 taksona na nivou vrste pomoću Phytool v3 i NCBI baze sekvenci. Metabarkodingom otkriveno je dva i po puta više taksona nego konvencionalnom metodom svetlosnog invertnog mikroskopa.

KEYWORDS / KLJUČNE REČI:

metabarkoding, fitoplankton, Pečena Slatina, 23S rRNK, slana jezera

ACKNOWLEDGEMENT / PROJEKAT:

Ovaj rad je finansirala Evropska Unija kroz Horizon Europe progam istraživanja i inovacija (BIOLAWEB twinning projekat, broj opšteg ugovora 101079234). Istraživanje je podržalo Ministarstva prosvete, nauke i tehnološkog razvoja Republike Srbije (451-03-136/2025-03/200026). Rad je realizovan u skladu sa univerzalnom strategijom Ujedinjenih nacija (Agenda 2030) i povezan sa ciljevima održivog razvoja br. 4 – Kvalitetno obrazovanje, br. 5 – Rodna ravnopravnost, br. 6 – Čista voda i sanitarni uslovi i br. 13 – Akcija za klimu.

REFERENCES / LITERATURA:

  • Boros, E., Ecsedi, Z., Oláh, J. (2013) Ecology and Management of Soda Pans in the Carpathian Basin. Hortobágy Environmental Association, Balmazújváros
  • Canino, A., Lemonier, C., Alric, B., Bouchez, Domaizon, Isabelle, Laplace-Treyture, C., Rimet, F., Which barcode to decipher freshwater microalgal assemblages? Tests on mock communities, International Journal of Limnology 59 (2023) 8
  • Ćirić, M., Gavrilović, B., Krizmanić, J., Dojčinović, B.P., Vidaković, D., Can a benthic diatom community complement chemical analyses and discriminate between disturbed and undisturbed saline wetland habitats? A study of seven soda pans in Serbia, Wetlands Ecology and Management 29 (2021) 451–466
  • European Commission (2000) European Commission, Directive 2000/60/EC of the European Parliament and of the Council of 23 October 2000 Establishing a Framework for Community Action in the Field of Water Policy, Official Journal of the European Union L 327/1, 1–72
  • Free, G., Van de Bund, W., Gawlik, B., Van Wijk, L., Wood, M., Guagnini, E., Koutelos, K., Annunziato, A., Grizzetti, B., Vigiak, O., Gnecchi, M., Poikane, S., Christiansen, T., Whalley, C., Antognazza, F., Zerger, B., Hoeve, R.J. and Stielstra, H., JRC Technical Report, An EU analysis of the ecological disaster in the Oder River of 2022 (2023) 1–41
  • Gavrilović, B., Ćirić, M., Vesić, A., Vidaković, D., Novaković, B., Živanović, M., Biodiversity overview of soda pans in the Vojvodina region (Serbia), Journal of the Geographical Institute “Jovan Cvijić” SASA 68 (2018) 195–214
  • Hillebrand, H., Dürselen, C.-D., Kirschtel, D., Pollingher, U. and Zohary. T., Biovolume calculation for pelagic and benthic microalgae, Journal of Phycology 35 (1999) 403–24
  • Lengyel, E., Padisak, J., Hajnal, E., Szabo, B., Pellinger, A., Stenger-Kovacs, C., Application of benthic diatoms to assess efficiency of conservation management: a case study on the example of three reconstructed soda pans, Hungary, Hydrobiologia 777 (2016) 95–110
  • Nicolosi Gelis, M. M, Canino, A., Bouchez, A., Domaizon, I., Laplace-Treyture, C., Rimet, F., Alric, B., Assessing the relevance of DNA metabarcoding compared to morphological identification for lake phytoplankton monitoring, Science of The Total Environment 914 (2024)
  • Sl. glasnik (2011) “Pravilnik o Parametrima Ekološkog i Hemijskog Statusa Površinskih Voda i Parametrima Hemijskog i Kvantitativnog Statusa Podzemnih Voda.” Sl. Glasnik RS, Broj 74/2011
  • Somogyi, B., Felfoldi, T., Solymosi, K., Makk, J., Homonnay, Z.G., Horváth, G., Turcsi, E., Boddi, B., Márialigeti, K. & Voros, L., Chloroparva pannonica gen. et sp. nov.(Trebouxiophyceae, Chlorophyta) – a new picoplanktonic green alga from a turbid, shallow soda pan, Phycologia 50 (2011), 1–10
  • Taberlet, P., E. Coissac, M. Hajibabaei, and L. H. Rieseberg, Environmental DNA, Molecular Ecology 21 (2012) 1789–1793 
  • Tapolczai K., Rimet, F., Ćirić, M, Ballot, A., Laplace-Treyture, C., Alric, B., A novel framework for phytoplankton biomonitoring: Trait assignment of 23S rRNA sequences, Ecological indicators 173 (2025)
  • Vidaković, D., Ector, L., Wetzel, C.E., Krizmanić, J., Gavrilović, B., Dojčinović, B., Ćirić, M., A new Nitzschia Hassall species (Bacillariaceae, Bacillariophyta) from saline ponds in Serbia, Cryptogamie, Algologie 43 (2022) 85–94
  • Vidaković, D., Levkov, Z., Krizmanić, J., Beszteri, B., Gavrilović, B., Ćirić M., A new small-celled naviculoid diatom species, Mayamaea pannonica sp. nov. (Bacillariophyceae) from soda pans in Serbia, Phycologia 62 (2023) 268–276
  • Utermöhl, H., Zur Vervollkomnung der quantitativen Phytoplankton-Methodik, Mitteilungen, Internationale Vereiningung fuer Theoretische und Angewandte Limnologie 9 (1958) 1–38.
  • Wang, S., Lambert, W., Giang, S., Goericke, R. and Palenik, B., Microalgal assemblages in a poikilohaline pond, Journal of Phycology (2014) 303–309